1️⃣ GO Analysis (تحلیل Gene Ontology)

و

2️⃣ مسیر Signaling Pathways (مسیرهای سیگنال‌دهی)

اجازه بده هر کدوم رو جدا توضیح بدم.

1. تحلیل GO (Gene Ontology)

🎯 چی هست؟

Gene Ontology یا GO یک چارچوب استاندارد برای توصیف عملکرد ژن‌ها و محصولات آن‌ها (پروتئین‌ها) است.
GO سه حوزه اصلی دارد:

  • Biological Process (BP): فرآیندهای زیستی مثل چرخه سلولی، متابولیسم، پاسخ ایمنی

  • Molecular Function (MF): عملکرد مولکولی مثل فعالیت آنزیمی، اتصال به DNA

  • Cellular Component (CC): محل قرارگیری در سلول، مثلاً هسته، میتوکندری، غشای سلولی

🎯 هدف GO Analysis:

یافتن اینکه مجموعه‌ای از ژن‌ها در چه فرآیندها یا عملکردهایی بیشتر نقش دارند (enrichment analysis).

🛠️ چطور انجام میشه؟

  • لیست ژن‌های دیفرانسیلی (مثلاً در بیماری و کنترل) را وارد می‌کنیم.

  • نرم‌افزار (مثل DAVID، Enrichr، یا Cytoscape با افزونه ClueGO) بررسی می‌کند که کدام دسته‌های GO بیش از حد نمایان هستند.

  • خروجی شامل نمودارهای دایره‌ای، بار، و جدول‌هایی است که پرمعناترین GO terms را نشان می‌دهد.

2. مسیرهای سیگنال‌دهی (Signaling Pathways)

🎯 چی هست؟

مسیرهای سیگنال‌دهی مجموعه‌ای از واکنش‌ها و تعاملات پروتئینی هستند که پیام‌ها را از سطح سلول به داخل آن منتقل می‌کنند و باعث تغییر در رفتار سلول می‌شوند (مثل رشد، تقسیم، مرگ).

🎯 چرا مهمه؟

اختلال در این مسیرها می‌تواند منجر به بیماری‌هایی مثل سرطان شود. شناخت این مسیرها کمک به طراحی دارو و درمان هدفمند می‌کند.

🛠️ منابع داده و تحلیل:

  • بانک‌های داده مهم مسیرها:

    • KEGG

    • Reactome

    • WikiPathways

  • در بیوانفورماتیک، معمولاً بعد از شناسایی ژن‌های مهم، آنها را روی مسیرهای سیگنال‌دهی نقشه می‌کنند (Pathway Mapping).

🔗 ارتباط GO Analysis و Pathway Analysis:

  • GO بیشتر روی عملکردهای ژن‌ها تمرکز دارد.

  • Pathway Analysis روی شبکه‌های زیستی و تعاملات در مسیرهای خاص تمرکز می‌کند.